הביקור במוזיאון הישראלי מתחיל בחלל עגול המדמה את כיכר מלכי ישראל ב-4 בנובמבר 1995, ליל הרצח של ראש הממשלה ושר הביטחון, יצחק רבין.
המבקרים מוזמנים להיכנס לכיכר, אם כתומכים בעצרת שהתקיימה בה באותו ערב ואם כמתנגדים לה. ביציאה מהכיכר מגיעים המבקרים לראשיתו של מסלול ספיראלי יורד,
המתאר את סיפור חייו האישי של יצחק רבין. מסלול זה נפתח לכל אורכו לחדרי תצוגה גדולים, המציגים את סיפורה של מדינת ישראל ושל החברה הישראלית.

בתוך החדרים ישנם שני צירי משנה:
ציר אחד מציג את העימותים והמחלוקות, שפילגו את החברה הישראלית מראשיתה.
ציר זה מוצג במשולשי פלדה אדומים, הפורצים מקירות המוזיאון.

ציר שני הוא סרגל אירועים עולמי, המציין אירועים בולטים שהתרחשו בעולם, במקביל לאירועים המקומיים. ציר זה ממוקם על רצפת המוזיאון

בחדר זה מוצגת הישות החברתית-פוליטית-מדינית המתגבשת ביישוב עד תחילת מלחמת העולם השנייה ולאחר מכן עד הקמת מדינה.

הפן החברתי מוצג דרך תל-אביב של שנות ה-20 וה-30, באמצעות “העיר הלבנה” על מגוון פניה. בהמשך מוצגת גם “ההתיישבות העובדת” בשלל אמצעי תצוגה. הפן הביטחוני מוצג, בין השאר, דרך המרד

הערבי הגדול  והמתנדבים לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה. הפן המדיני בא לידי ביטוי, בין היתר, בהצגת הוויכוח שהתעורר ביישוב היהודי עם הצעתה של תכנית החלוקה הראשונה ב-1937 (ועדת פיל).

חלקו השני של פרק זה עוסק במלחמת העצמאות, תוך תיאור אירועים וקרבות מרכזיים, עד לחתימת הסכמי שביתת הנשק ב- 1949

חדר זה מציג את שני העשורים הראשונים של מדינת ישראל.

החדר פותח בתיאור גלי העלייה הגדולים, יישוב העולים ברחבי הארץ והקמת עיירות הפיתוח, המפעלים הלאומיים הגדולים של שנות החמישים והעושר התרבותי. בד בבד מוצגת תחושת המצור של ישראל הצעירה בעקבות שורה של אירועים ביטחוניים לכל אורכה של התקופה. החדר מסתיים ערב מלחמת ששת הימים, בתיאור ימי ההמתנה שקדמו למלחמה.

בחדר זה זה מוצג סיפורה של מלחמת ששת הימים, אשר יצרה מציאות חברתית, תרבותית וביטחונית חדשה במדינת ישראל.

אמצעי התצוגה העיקרי בחדר זה הוא סרט שאורכו כשבע דקות, המציג את שלבי המלחמה, את החזיתות השונות ואת תוצאות הקרבות.

לקראת חלקו האחרון של המוזיאון מוצגת גלריית תמונות של יצחק רבין, המציגה במהלך מהיר את כל מהלך חייו.

בצידו הימני של המסדרון הקצר מוצגים חייו הציבוריים ומגוון התפקידים שבהם נשא: איש צבא, רמטכ”ל, שגריר, שר ביטחון וראש ממשלה. בצידו השמאלי של המסדרון מוצגים חיי משפחתו, בית אביו ואמו, נחמיה רבין ורוזה כהן, והבית שהקים עם לאה לבית שלוסברג.  

חדר זה עוסק בעשור השלישי של מדינת ישראל, על רקע המציאות שיצרה מלחמת ששת הימים.

החדר מתחיל בפסגת הניצחון ביוני 1967, עובר לשפל של אוקטובר 1973, ומשם למחאה הציבורית שהפילה את ממשלתה של גולדה מאיר, לקדנציה הראשונה של יצחק רבין כראש ממשלה ולמהפך של 1977.

חלקו הראשון של עשור זה מתמקד במפה הפוליטית החדשה בישראל עם עלייתו של הימין לשלטון ובהסכם השלום עם מצרים.
חלקו השני עוסק בתגובה הישראלית להסכם השלום ולמחירו (פינוי סיני והיישובים בפיתחת רפיח).

חלקו הראשון של חדר זה מתמקד בהישגה הגדול של ממשלת הליכוד בראשות מנחם בגין – הסכם השלום עם מצרים.
בהמשך החדר מוצג מחירו של שלום זה – פינוי סיני והרס היישובים שם. עוד מוצגים בחדר המשבר הכלכלי של שנות השמונים והקיטוב העדתי שהלך והתעצם באותן שנים. בחלקו השני של החדר מוצגת מלחמת לבנון הראשונה והקרע שגרמה בחברה הישראלית.

חלקו הראשון של החדר מוצגת האינתיפאדה הראשונה, ובהמשכו מלחמת המפרץ שהציבה איום חדש על ביטחון אזרחי ישראל – טילים ארוכי טווח.
שטח נרחב מוקדש לתיאור העלייה הגדולה מארצות חבר העמים ומאתיופיה בשנות התשעים ולאחר מכן לוועידת השלום הבינלאומית שהתכנסה במדריד.

החדר מסתיים במהפך של 1992 – בבחירתו של יצחק רבין לראשות הממשלה.

חלל זה שונה משאר המוזיאון – עד לנקודה זו הלכו המבקרים דרך שני סיפורים מקבילים שהוצגו בשני חללים נפרדים:
בחדרים הוצג סיפורה של ישראל ובמסדרון הוצגו חייו של יצחק רבין.  
עתה מתלכדים שני הסיפורים, האישי והכללי, לחלל אחד – הם קשורים זה בזה ומושפעים זה מזה.

בחלק זה של המוזיאון מוצג רבין כמנהיג החותר לחולל מפנה היסטורי ביחסי ישראל עם הפלסטינים ועם מדינות ערב והמשנהmתוך כדי כך את סדר העדיפויות הלאומי. מולו מוצגת החברה הישראלית והשינוי המתחולל בה לנוכח הנהגתו.
במסגרת זו מתוארות התגובות למדיניותו של רבין, אשר החלו במחאה לגיטימית והפכו להסתה פרועה ושלוחת רסן.

בחדר זה מוצבים ארבעה מסכים, המקרינים רגעים שונים מהשעות ומהימים שלאחר הרצח: ההודעה על הירצחו של ראש הממשלה, הלם הקהל, מסע הארון וטקס הלוויה.

חלק מהתקרה של חלל זה עשוי מזכוכית, המקשרת אותו לחלל שמעליו – חדר הכניסה למוזיאון המדמה את כיכר מלכי ישראל ב-4 בנובמבר 1995.
סופו של המוזיאון חוזר אל ראשיתו – רצח ראש ממשלת ישראל ושר הביטחון שלה.

חלל היציאה מהמוזיאון מסמל בצד האובדן והשבר הנורא את המשכיותה של מדינת ישראל ואת התקווה להפקת הלקחים מהרצח.